Скорее всего да. Это можно проверить установив на свежую прошивку программу требующюю root. Если работает - значит рут из коробки.
Если вы переустановили ОС, а папки всё же есть ,то это скорей всего необходимо для корректного функционирования эмуля дроида. Хотя я могу и ошибаться.
Насколько я знаю программы андроида не могут влиять на безопасность хостовой ОС?, так как не имеют доступ к каталогам выше папки MISC. С другой...
Это разве не файлы Андроидовской виртуалки?
Имена участников (разделяйте запятой).